威斯康星大学麦迪逊分校在各个学科和领域均享有世界级的学术声誉，根据《美国新闻与世界报道》的排名，学校的心理学、教育学、核能工程、化学工程、市场营销等众多专业均位居全美前10，而被评为全美前20是专业更是数不胜数，包括计算机科学、计算机工程、土木工程、机械工程、会计学、公共管理等众多热门专业，该校的医学院、工程学院、商学院、教育学院、公共事务学院等院都是极具实力的美国顶尖学院。在最新的上海交大世界大学学术排名中，威斯康星大学麦迪逊分校在自然科学领域位居世界第24位，在生命科学领域位居世界第18位，在社会科学领域排名世界第33位，是一所公认的世界级高等学府。
威斯康星大学麦迪逊分校在生物学领域尤其声名卓著，其教授詹姆斯·汤姆森是第一个成功分离胚胎干细胞的科学家，其在数学、化学、统计学、计算机科学以及教育学、经济学、哲学、政治学等学科方面享有盛誉，拥有极强实力和丰厚底蕴，这些学科在2015年U.S.News排行榜上均位列前15名，其社会学更是常年雄踞榜首。根据美国国家科学研究委员会（National Research Council）的研究结果，威斯康星大学麦迪逊分校有20多个学科位列全美前十名。在2013年上海交通大学世界大学学术排名中，威斯康星大学麦迪逊分校名列全球第19名
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